コンディショナルＫＯマウスを作製する時にはloxPサイトが正しく挿入されていることを確認する必要があります。
組換えがloxPサイトではさんだコンディショナルに欠損させたい領域で起こってしまえば、loxPサイトが１つしか入りません。
そのため、必ずloxPサイトが２つ挿入されていることを以下の方法を参考にしてご確認ください。
ロングアーム側のサザン解析で陽性であったクローンについて、同じプローブを使ってロングアーム解析用の制限酵素とミドルアームを導入する際に使用したユニークな制限酵素を用いて同時に消化しサザン解析する。
a) ロングアーム側の組換えをPCRで解析し陽性であったものについて、ミドルアームを導入した際に用いた制限酵素で消化し、目的の長さの断片に消化されるか確認する。
b) ロングアーム側の組換えをPCRで解析し陽性であったものについて、loxPを挟むプライマーを用いネスティッドPCR（2次PCR）を行う。 増幅フラグメントを~300bpに設定することで、移動度の違い（loxPは約60bp）でloxPサイトの有無を判断する。また、確実にするためには、この増幅されたフラグメントをダイレクトシーケンスし、塩基配列を解析する。