直鎖DNAフラグメント（トランスジーン）を受精卵の前核に注入すると、ゲノムに組み込まれて安定的に子孫に伝わることを利用します。一般的に100個の受精卵に注入すれば、3系統のトランスジェニックマウスが得られます。
ほとんどの場合、ゲノム上の1ヶ所にトランスジーンがタンデムに複数コピー導入されます。
通常のミニジーンからなるトランスジーン以外に、BACトランスジーンのインジェクションによるBACトランスジェニックマウスの作製も可能です。
